Kratica DNK pomeni deoksiribonukleinska kislina. Ta dolga in nekoliko zahtevna beseda opisuje osnovno zgradbo DNK gradnikov – nukleotidov -, ki se povezujejo v zelo dolge DNK molekule. Te molekule so nosilke genetske informacije živih bitij – tako bakterij, kot tudi rastlin, živali ter seveda tudi gliv.
Da bi DNK lahko preučevali, jo je najprej potrebno osamiti od vseh ostalih molekul v celicah.
Izolacija DNK je v osnovi sestavljena iz štirih korakov:
- Razdrobitev in homogenizacija vzorca
- Liza (razkroj) celic
- Ločevanje ostalih molekul od DNK (čiščenje)
- Precipitacija/elucija DNK
Vsak korak zahteva primerno opremo in spojine, ki jih dandanes lahko naročimo od proizvajalcev v tako imenovanih ekstrakcijskih kitih oziroma kompletih. Ker so vzorci in celice zelo različni – DNK je potrebno izolirati tako iz okoljskih vzorcev, kot sta na primer voda ali prst, kot tudi iz različnih tkiv, kot na primer iz lista ali krvi. Vzorci biofilmov s sončnih panelov še najbolj spominjajo na vzorce prsti, zato smo za izolacijo DNK iz njih izbrali podobno tehniko, kot za izolacijo DNK organizmov iz prsti in uporabili primeren ekstrakcijski komplet. Osamitev DNK iz celic ekstremofilnih gliv je dodatno otežena. Glive imajo celično steno iz hitina – enake snovi iz katere je grajen zunanji skelet členonožcev, to so na primer raki, pajki in žuželke. Poleg celične stene pa so glive na sončnih panelih zaradi prilagoditev na življenje v ekstremnih pogojih lahko zaščitene z raznimi drugimi snovmi. Pri prvem koraku izolacije vzorce zato razdrobimo z uporabo tekočega dušika, ki ima okoli -200 °C. Na tako nizki temperaturi vzorec hipoma zmrzne, nato pa ga s stresanjem lahko učinkovito razdrobimo in homogeniziramo. Vzorec tudi med lizo dodatno stresamo in drobimo s pomočjo drobnih peščenih delcev. Dobro homogeniziran vzorec nato nanesemo na tako imenovane kolone, ki so del ekstrakcijskih kitov. Vsaka kolona ima membrano, na katero se veže DNK. Z različnimi pufri DNK še očistimo ostalih primesi, na koncu ekstrakcije pa dodamo elucijski pufer, ki DNK razpusti z membrane in v katerem je nato shranjena. Izolirano DNK shranjujemo zamrznjeno na -20 ali -80 °C. Tako je lahko obstojna več let.
V spodnjem kratkem posnetku si lahko pogledaš, kako poteka izolacija DNK v laboratoriju.
